中学校のカリキュラムも、プロジェクトを中心に構成されています。
プロジェクトのほかには、教科学習、個別学習、自由選択、全校ミーティングがあります。個別学習は、学習する教科や内容を自分で決めて取り組む時間です。また、中学生だけでおこなう中学校ミーティングもあります。
中学校のプロジェクトは２つです。
食とくらしの未来館
やきものを中心に活動を広げていきます。ろくろ、手びねり、絵付けなどに夢中になっています。ほかにも、日本各地のやきものややきものの歴史を調べたりするなかで、わたしたちの暮らしや食生活について、考えていきます。
和華蘭館
「ながさき」の食、おまつり、平和など、長崎についてとことん調べていきます。知ったことは、げきや本、ずかんなどにまとめて、長崎の面白い文化を発信しようとしています。